弹指一挥间，昭宗执政快满五年了。他细细盘算了一下，这五年来，自己又干了些什么？为维护中央的权威和皇帝的尊严，他先后发动了两次讨伐地方藩镇的战争，先后采取有力措施，惩处了大宦官杨复恭，杀了李顺节。但无论结果如何，对于昭宗来说，都是两个字：更惨。
其它方面的情况就更不用说了，李匡威被王熔杀掉，李匡筹占据幽州（当然，李匡筹的恨是泄了，可绿帽子永远摘不掉）；淮南杨行密与孙儒的斗狠，以孙儒被杀而告终；汴州的朱全忠攻取徐州，堂堂的大唐感化节度使时溥，只能登上燕子楼，举族自焚；在蜀中，贼王八王建杀死了陈敬暄兄弟，霸占了西川。
面对这些，昭宗能做的事情，就是眼不见心不烦。败，昭宗苦；胜，昭宗亦苦。僖宗在长安，忙着对付黄巢的农民起义军；昭宗在长安，忙着对付大大小小的军阀。
见昭宗好欺侮，贪一些的、恶一些的狼便会跳出来咬人。最先跳出来的，是昭宗赐姓赐名赐官的李茂贞。从景福二年（893）八月开始，李茂贞频频上奏章给昭宗，频频写信给杜让能，要他们这样，不能那样，言语极不恭敬。
李茂贞是不是吃多了，故意把皇帝和宰相得罪？把皇帝和宰相得罪，这正是李茂贞想要的。在讨伐杨守亮父子的过程中，他可是占了最大的便宜，利用昭宗能发大财，何乐而不为呢？果然，昭宗有想法了，想要讨伐他，可不敢乱动。见还没达到最佳效果，李茂贞又上封奏，说：“陛下身为一统天下的大唐皇帝，却不能庇护皇舅王瑰一人的性命；陛下虽说受天下人的尊崇，却没有权利斩杀杨复恭这个家伙。是不是有的那个？”
他还说：“现在朝廷只看各节度使的强弱与否，而不计议是非曲直。”他还说：“朝廷只欺侮势力弱小的，对他们就讲什么制度，讲什么法律，而对那些势力强大的，睁只眼闭只眼，甚至还去依附，他们要什么就给什么。处事视其轻重而斤斤计较，看人权衡利害而仰人鼻息。军中情形千变万化，战争胜负难以约束。臣担心京畿一带的百姓因此遭受祸害，不知道皇帝流离迁徙，今后还能到哪里去！”
总而言之，李茂贞上奏的中心意思就是说昭宗窝囊，不象个皇帝，也不配当皇帝。对皇帝讲假话，叫欺君；不听皇帝的话，叫忤逆；造皇帝的反，叫大逆不道。每一条都是死罪，得处以极刑，甚而至于株连九族。李茂贞公然写信说昭宗不象个皇帝，那叫拔龙须，那肯定是株连九族的大罪。
再不出手，这个皇帝没法当了。昭宗决定出兵讨伐，命令杜让能全权负责。唉，皇帝也是不吸取教训，讨伐地方藩镇你能得什么好处？杜让能不好明说，只好委婉地劝他，说：“陛下即位不久，国家还不平安，天下还不太平。凤翔的李茂贞离京师长安这样近，老臣认为不应当与他结下怨仇，万一不能消灭他，到时候后悔可就来不及了。”
昭宗听不进耳，说：“现在，皇室的地位越来越低下，朝廷的号令在京师以外的地方就得不到推行，这样的皇帝当起来有什么意思？朕不甘心做一个软弱可欺的君主，默默无闻地过日子，坐在这里等着别人来欺侮。你只管为朕调动军队粮食，朕亲自委派亲王统领军队。成功了，算你立一大功；失败了，事情和你无关。”
失败了不找自己的麻烦，话是这么说，可到时候谁又知道？杜让能还想给自己留条退路，他继续劝道：“陛下如果硬要兴兵讨伐李茂贞，那么这个事情就不能交给我一个人去办。”这不是在推诿么！昭宗有些生气了。“杜让能，你身为宰相，应该与朕同甘共苦，怎能遇事躲避！”
见皇帝生气了，杜让能知道无路可退，只得边哭边说：“老臣怎么敢遇事躲避呢！陛下要做的事情，就是是当年宪宗皇帝想做的事情；只是天时还有所不利，形势也不允许罢了。老臣恐怕将来一天，自己会象汉景帝时的晁错一样，白白遭受杀身大祸，又不能平息吴楚等七国叛乱的战祸。罢了，罢了，老臣愿奉行诏令，以死相报！”
于是，杜让能留在中书省，开始运作，一个多月没有回家。可杜让能做的是无用功。状元出身的崔昭纬暗中与邠州、岐州交结，探听消息，传递情报。杜让能早晨说一句话，邠州、岐州傍晚就一定会知道。
得知消息的李茂贞指使他的党羽在长安大搞破坏，制造恐怖气氛。京师长安的老百姓有的躲在家里不敢出来，有的逃到山谷中藏匿起来，朝廷虽然动用严酷的刑法也禁止不住。仗还没打，昭宗的败局已定。可他没有看到形势，或者说没有看清形势。
八月份，昭宗决定开始行动，撤李茂贞的凤翔节度使一职，由徐彦若担任，并任命覃王李嗣周为京西招讨使，神策大将军李戚为副使。九月，昭宗下诏，命李嗣周、李戚率禁军三万护送新任风翔节度使徐彦若去凤翔上任。初十，朝廷大军到达兴平。李茂贞、王行瑜联合军队约近六万人，驻扎在兴平不远的地方进行抗击。
对于神策军的战斗力，在潼关战役中就可见一斑。这一次又差不多，这些神策军都是刚刚从市街上召募来的少年，去欺负老百姓还差不多。而李茂贞、王行瑜所带领的都是边防将士，经历过大大小小上百次战斗，个个是杀人不眨眼的家伙。神策军和他们斗，哪是对手。
十七日，李茂贞率军逼近兴平，神策军望风而逃。李茂贞乘胜进攻三桥，逼近京师长安。长安大为震惊，一片恐慌，老百姓四处乱窜，惶惶不知逃往何处。
战争失败了，又得找罪魁祸首。老百姓跪在皇宫门前，请求诛杀首先倡仪发兵进行征伐的人。崔昭纬存心陷害杜让能，想借此机会去掉一个竞争对手，他写密信给李茂贞，说：“朝延用兵征伐，并不是皇帝的意图，都是太尉杜让能出的主意。趁这个机会除掉姓杜的，以后我为李大人办事就更方便了。”
十九日，李茂贞在长安城西的临皋驿陈列军队，向唐昭宗进呈表章历数杜让能的罪行，请求将他诛杀。看着李茂贞的奏章，昭宗束手无策，不知怎么办才好。杜让能主动找到昭宗，从容说道：“皇上，这个结局臣早就料到，现在就请通过惩处臣来解除祸患吧！”
昭宗怎么下得了手，拉着杜让能的手，痛哭不止。杜让能劝慰道：“皇上，不用伤心，如果用杜某的这条老命，能救皇上于危难之中，值！”昭宗边哭边说：“朕怎么忍心？朕就是死，也不愿意做这样不仁不义之事。”
杜让能挣脱昭宗的手，跪在大殿之上，说：“皇上，您是大唐的皇上，怎能因为老臣而误了大事。大唐的中兴，还得靠您呀。”无奈之下，昭宗下诏，把杜让能贬为梧州刺史。接着，他又把观军容使西门君遂流放到儋州，内枢密使李周潼流放到崖州，段诩流放到权州。昭宗想通过这些积极主动的措施，求得李茂贞的原谅，保全杜让能的性命。