第三次忍界大战，那时晓组织并没有减员，每一次出动都能震动整个忍界。偏偏又多一个更加诡异的影子，每一次出动虽然没多大动静，但总能带走一只尾兽！
经过几番争斗，尾兽除了九尾，都被晓和影子瓜分了。
鼬不得不改变计划，因为这时候再去关注佐助的事，谁都可以看出来他还在为佐助着想。因为晓组织已经变得更加团结，没有一个人死，还有飞段他们，因为莫塔骷的背叛，变得异常暴怒。
莫塔骷进入晓组织之后，还和他们相处过一阵，特别是飞段，把他视为同类，但莫塔骷显然骗了他们，他们必须让莫塔骷付出代价。
最惨的是佐助，忍界大战之后，大蛇丸没等他成长起来就打算吃了他，还好他机灵逃走了。
随后佐助孤身一人，本身又桀骜不驯，碰到的又都是高手，若不是他是男二，有光环罩着，每一次他都会死。
鸣人也处在风浪中心，虽然木叶加紧保护着他，但外界的威胁越来越大，他们所处的暴风眼也变得越来越小。
鸣人这次什么都没做，就是跟着自来也修行，一直修行。
因为这时候自来也已经意识到，这不是木叶和鸣人的灾难，整个世界都可能灭亡。而鸣人，只要还活着就还有希望。
鸣人，一定是那个天命之子。
至于木叶已经死了多少人，还剩下多少人，自来也全部不允许鸣人过问，鸣人能做的，就只有在妙木山，一直修行。
鸣人很快学会了仙人模式，随后开始学习驾驭九尾，但九尾太强了，他在仙人模式下，也只能强行使用九尾所有的查克拉，这还是九尾没有影响的情况下。
但随后鸣人不得不出去了，因为木叶，只剩下他和自来也两个人了。
末日，这是火影世界的末日，所有的人都成了秽土转生和影子操控的傀儡，他们只是战斗物品，没有任何过往和身份。他们全部都只是双方的战斗力而已。
如今活着的人，其实还有一些。不过他们有了新的身份。
木叶的一些人，在佐助的带领下，活了下来。这次的英雄是佐助。不过，他是活着的所有人，因为只有佐助一个人，佐助也很快会死。
当然莫玲雨还活着，只是她不认识影子。她被保护了起来，影子并没有去见她，她什么都不知道，只知道被人囚禁了。而且好吃好喝的，就是，有些绝望。
莫塔骷，你在做什么？
莫玲雨时常问，这世上，唯一会这么做的人，难道不就莫塔骷一个吗？他进入晓组织，不是只是暂时的栖身之所......