十一月初二，朱瑾与淮南将领侯瓒率骑兵5000偷渡淮水后，打着汴军旗帜，从北面直奔庞师古的中军。“庞师古，快出来受死！”朱瑾在汴州军的营寨前挑战。听说朱瑾真来了，庞师古点齐兵将，冲出营寨。见朱瑾身后只有数千人马，庞师古气往上冲，喝道：“朱瑾，你太不自量力了。”说完，他挥起流星锤，直取朱瑾。朱瑾本是一员捍将，毫不胆怯，也提枪迎了上去。
正在厮杀当中，忽然，汴州军的营寨里传来大喊声：“不得了啦，洪水冲来！不得了啦，洪水冲来！”听到喊声，庞师古一紧，忙抢个破绽，闪到一旁。一看自己营寨，已经成了一片水国，汴州兵四处乱跑。正在慌乱时候，杨行密率领大军杀到，与朱瑾左右夹击，杀了个痛快。
见形势不妙，庞师古急忙开溜。“哪里逃？”朱瑾看见，大喝一声追了上去。庞师古一慌，马一个趔趄，居然摔到了地上。朱瑾赶上去，提起枪一刺，刺了个透心窝。汴州兵大败，庞师古及其万多将士被斩杀，剩下的也是作鸟兽散。
葛从周在寿州西北也被寿州团练使朱延寿击败，退往濠州(治今安徽凤阳东)据守。听说庞师古兵败身亡，他又立即率部逃离濠州。杨行密与朱瑾、朱延寿乘胜追击，赶到到淠水，见葛从周军正在渡河，立即发起冲击，葛从周军或者被斩杀，说者被溺死，几乎全军覆灭，只有葛从周侥幸逃脱。
“弟兄们，快下马！”汴军遏后都指挥使牛存节急忙命令部众放弃马，徒步与汴州兵格斗，阻止汴州兵的追杀。利用这个机会，汴州各路溃军才勉强渡过淮水，摆脱追击。但渡过河后，士兵一连四天没有吃东西，又恰逢大雪，这样下去，等待他们的不是饿死就是冻死。
听说这个情况，颍州刺使王敬荛命令全城将士，带着柴火、大米，在淮河沿岸架起铁锅，煮粥给这些兵吃。因为有王敬荛的这个义举，数千人汴州兵活着逃回了宿州。庞师古被杀，葛从周一个人逃回来，朱全忠不走也得走了。
杨行密一战定乾坤，得以固守长江、淮河一带，使朱全忠再也不敢轻易率兵侵犯淮南。
“枪杆子里出政权”，李茂贞他们的叛乱给了昭宗这样的启示。从避难的石门回到长安后，他马上筹备建设军队。皇帝办事肯定好办，短短的几个月时间，除左右神策军外，他又设置安圣军、捧宸军、保宁军、宣化军等军队，挑选增补几万人马，命令各王统领。
凤翔的李茂贞马上作出回应，说朝廷这样做是想对付他，言语之中颇有怨言。李茂贞与昭宗本来就有矛盾，这下矛盾更大了。于是，李茂贞也部署部队，扬言说要到长安找昭宗讨个说法。听到这个消息，京城的老百姓又争先恐后地出奔，逃到山谷中躲藏起来。
李茂贞又要打京城了，昭宗急忙调兵遣将，命令通王李滋、覃王李嗣周、延王李戒丕分别带领所部，护卫京师一带，并命延王李戒丕率部到三桥驻扎。三桥离凤翔很近，李茂贞这下有借口了，向朝廷进呈表章说：“延王李戒丕无缘无故地发动军队讨伐我，我现在率领军队前往京师，请朝廷治我的罪。”
昭宗看了表章，大惊失色，急忙向河东李克用求救。可远水解不了近渴，李克用还没有听到消息，李茂贞已经先发制人了。乾宁三年（896）六月十七日，他带着凤翔兵逼近京畿一带。如果神策等军的战斗力也还可以的话，昭宗完全可以掌控局面，力挽狂澜，拯大厦于既倒。遗憾的是，神策军不是军队，没有一点战斗力，覃王李嗣周率部在西部的娄馆迎战凤翔兵，大败而回。
七月初，凤翔兵逼近长安。延王李戒丕急忙请求昭宗转移，说：“皇兄，现在关中一带的藩镇，没有一个可以依靠，我们不如从鄜州渡过黄河，去太原避难。臣弟请求先行一步，去告诉李克用，命他早就准备。”昭宗觉得可行，匆匆忙忙地准备了一下，带着数十个妃子和皇室成员，偷偷摸摸地出了长安城，赶到了渭水之北。
韩建听说了，急忙派儿子韩从允手捧表章，请唐昭宗到华州去住。昭宗当然知道韩建不怀好意，委婉地拒绝，赐给他京畿都指挥使、安抚制置使及开通四面道路使、催促诸道纲运使等职。对这些虚职，韩建并不在乎，他在乎的是把天子弄到华州，挟天子以令诸侯。
韩建接二连三地向昭宗进呈表章，请他到华州去。跟随昭宗的大臣也不想离开家乡，到很远的地方去。无奈之下，昭宗赶到富平，命宣徽使元公讯召韩建前来，想与他当面商议是东去太原还是留在华州。韩建应诏赶到富平，一见昭宗，下跪磕头哭道：“皇上，您受苦了！”昭宗感动了，急忙上前把他扶起来，说：“韩爱卿来了，朕就安心了！”
韩建站起身来，止住哭泣，说：“当今天下，飞扬跋扈的节度使，绝对不只有李茂贞一个人，皇上如果离开长安，谁来守大唐的宗庙园陵？臣担心您的车驾一旦渡过黄河，就再也没有返回的机会了。虽然华州的势力现在还不强大，但控制关中京畿一带，也还足以自卫。臣经营华州有十三年了，西距长安不远，您想回去并不难。臣希望皇上移驾华州，以图光复，臣一定尽心尽力，为皇上效犬马之劳。”韩建的这番肺腑之言，直说得昭宗泪眼涟涟。“好，一切按爱卿的去办。！”昭宗到达华州，韩建把他的节度使府作为他的行宫，自己则在龙兴寺办公，处理事务。唐昭宗离开京师后不久，李茂贞率领大军开进了长安。